Eksempelvis er det i husdyrgodkendelsesbekendtgørelsens § 26 bestemt, at der, afhængig af øvrige landbrug i nærheden, højst kan tillades en totaldeposition fra husdyrbrug fra 0,2 til 0,7 kg N pr. hektar pr. år til såkaldt kategori 1- natur. Dvs. i bekendtgørelsen nærmere bestemte ammoniakfølsomme naturtyper samt § 3 -heder og § 3 -overdrev, som alle er beliggende i Natura 2000 områder og en del af udpegningsgrundlaget.
Der er tale om maksimalværdier, og der skal efter bekendtgørelsen meddeles afslag på godkendelse, hvis grænseværdierne ikke kan overholdes. Bestemmelsen udelukker således ikke, at myndigheden kan give afslag på grundlag af lavere værdier.
Efter godkendelsesbekendtgørelsens § 36, stk. 7, skal der dog meddeles afslag på godkendelse, hvis skade på et natura 2000 området ikke kan forhindres, uanset de ovenfor nævnte grænseværdier ("beskyttelsesniveauer") og passende vilkår.
"Ved skade forstås, at det på et konkret eksperimentelt videnskabeligt grundlag kan dokumenteres, at ammoniakpåvirkningen fra husdyrbruget med det ansøgte vil medføre en påviselig biologisk ændring af et internationalt naturbeskyttelsesområde, herunder beskyttede arter, selvom beskyttelsesniveauet i denne bekendtgørelse er overholdt."
Den her formulerede definition på skade og bevisbyrderegel er ikke i overensstemmelse med Habitatdirektivet.
I "Waddenzee-dommen" fastslås, at habitatvurdering kun kan undlades, hvis der ingen tvivl er om, at lokaliteten ikke skades.
Afværgeforanstaltninger tages ikke i betragtning i denne vurdering.
Principperne for habitatvurdering efter artikel 6, stk. 3, fastlægges i dommen således:
alle aspekter af en plan eller et projekt, som … vil kunne påvirke bevaringsmålsætningen for et habitatområde væsentligt, skal identificeres.
at der kun gives tilladelse til en aktivitet på betingelse af, at der gennem habitatvurderingen er opnået vished for, at aktiviteten ikke skader det pågældende habitatområdes integritet, og
at vished foreligger, når det ud fra et videnskabeligt synspunkt, uden rimelig tvivl, kan fastslås, at der ikke er sådanne virkninger.
Waddenzee-dommen stadfæster således "bevisbyrde-reglen" og
princippet om videnskabelighed.
Det betyder, at forventningen til projektet, som udgangspunkt må være, en hypotese om, at det skader. Hvis den hypotese kan forkastes (falsifikationsprincippet), kan det alternativt antages, at der ingen skade sker. Formuleringen "uden rimelig tvivl" skal man ikke lægge for meget vægt på, men understreger problemet i al naturvidenskab, som går under betegnelsen induktionsproblemet.
Altså:
Nul-hypotesen: lokalitetens integritet skades.
Alternativhypotesen: lokalitetens integritet skades ikke.
Hvis nul-hypotesen kan forkastes, kan alternativhypotesen antages.
Disse formuleringer er i overensstemmelse med teksten i afsnit 4.7.3 i Kommissionens vejledning til artikel 6:
Bevisbyrden handler om at kunne dokumentere fravær af skadelige virkninger snarere end deres forekomst.
Det er ikke det princip, der beskrives i godkendelsesbekendtgørelsens § 36, stk. 7.